Plusieurs sites archéologiques recensés sur le territoire communal attestent une présence humaine dès la Préhistoire, au Mésolithique (Clis, Gras) et au Néolithique (Sandun, Bissin).

Le site de Sandun, situé sur une butte dominant la Brière, est, à cet égard, remarquable. Des fouilles récentes ont révélé la présence d’une enceinte à triple fossés et les traces d’un habitat occupé de façon continue de l’époque néolithique à l’âge du Fer, correspondant à une communauté qui pratiquait l’agriculture et produisait du sel ignigène.

Les recherches archéologiques menées sur le site du Moulin de Beaulieu, au nord-est de la ville, ont mis en évidence l’importance, jusque-là insoupçonnée, d’une occupation gauloise dans le cadre d’un habitat groupé et organisé. Ce type d’habitat daté de la fin de l’âge du Fer fait figure d’exception dans la région. Les fouilles ont montré la continuité de l’activité salicole, attestée notamment par des fours à augets (petits récipients d’argile à paroi fine utilisés pour la fabrication des pains de sel). La fabrication du sel dépassait largement les besoins de la consommation locale et devait sans doute alimenter des circuits commerciaux éloignés.

Après la conquête romaine, l’espace habité évolue : certains sites se maintiennent ou se développent, d’autres sont abandonnés. Au Haut-Empire, deux agglomérations se distinguent : celle de Clis est importante — certains érudits ont voulu y voir le site du Portus Brivates cité par le géographe Ptolémée au IIe siècle de notre ère — ; celle de Beaulieu, au nord-est de la ville, se présente comme un habitat aggloméré comprenant un site cultuel (fanum). Il correspond à un petit noyau urbain organisé autour d’une voirie complexe. Les vestiges découverts (bâtiments, puits, fours…) témoignent de la variété des activités humaines pratiquées dans cette bourgade gallo-romaine.

S’appuyant sur des vestiges archéologiques retrouvés, à la fin du XIXe siècle, à l’emplacement du chevet de la collégiale Saint-Aubin et qu’ils interprètent comme un baptistère, certains auteurs attribuent la naissance de la ville de Guérande aux Bretons du prince vannetais Waroc’h (577-594). Plus probablement, l’origine de Guérande est à trouver dans la présence d’une basilique dédiée à saint Aubin (469-550), qui fut évêque d’Angers. C’est autour de ce lieu de culte et de son cimetière qu’il faut envisager un processus de concentration progressive d’un habitat, bientôt siège d’une paroisse, et la constitution d’un vicus.

Le nom de Guérande vient de Uuenran. Ce toponyme breton s’impose au lendemain de la colonisation bretonne qu’il convient de placer, dans le territoire guérandais, au cours de la seconde partie du VIe siècle. Uuenran est formé du nom ran et de l’adjectif uuen (gwen en moyen breton). Ran, qui signifie parcelle, est associé à une exploitation agricole datable des VIe-VIIe siècles. Uuen exprime l’idée de blanc qui renvoie, pour certains, à l’idée de sacré.

La tradition rapporte au IXe siècle et au roi de Bretagne Salomon (857-874) la fondation d’un collège de chanoines à Guérande. Cette tradition peut être acceptée : les honneurs attachés, sous l’Ancien Régime, à la collégiale Saint-Aubin plaidant pour une origine ancienne et prestigieuse.

D’après une autre tradition, Guérande est sauvée, lors du raid mené par les Normands en 919, par l’intervention miraculeuse du saint patron de la ville, saint Aubin, qui, en dépêchant un " chevalier à armes resplendissans ", dynamise les assiégés et leur permet de repousser l’ennemi.